Continuamos con la historia oficial de Metal Gear, en esta ocasión comenzaremos desde el año 1999. Recuerda que la historia que hasta el momento conocemos concluye en el 2007, por lo que nos quedan algunos años de acción que recordar.
En 1999 Solid Snake ya se encuentra retirado, hasta que el Comandante Roy Campbell, el nuevo encargado de Fox Hound, lo contacta para una nueva misión, que se desarrollará en Zanzíbar. S. Snake así deberá rescatar a un científico que posee una fórmula capaz de crear petróleo barato y muy fácil de reproducir, llamada OILIX.
En el camino, Solid Snake se encuentra con el creador del Metal Gear de Outer Heaven, a quien le cuenta que se encontraba prisionero, y es forzado a crear otro pero esta vez sin armamento nuclear. Finalmente se llamó Metal Gear D. Luego de esto, Snake tendrá que enfrentarse a Gray Fox utilizando el nuevo Metal Gear, y luego se enfrentará a Big Boss, pero esta vez de manera definitiva.
De aquí pasaremos directamente al año 2005, y nuevamente quien inicia la acción es Roy Campbell, y tendremos nuevos aliados en la aventura: Mei Ling, operadora del CODEC, y Nao Mi Hunter, que nos asistirá en los problemas médicos.
